悪の組織・ルフトゥ団によって為された声明を境にゴラク地方から大空を雄大に飛び回るポケモン達が一匹、二匹と少しずつ、姿を消していった。
音に溢れる芸術の島、ゴラク地方を舞台に、個性豊かなトレーナー達との出会いと彼らの繰り出す多様なポケモン達とのバトルを繰り返す冒険の先に見えて来たルフトゥ団の暗躍と目論みとは――！？